常用文件系统格式为NTFS、FAT，在选取文件系统格式时，许多朋友很犹豫，不知该选取哪个，现在U盘装系统便替大伙分析下。
FAT又划分为FAT32与FAT16。
当中FAT16为自DOS、Windows 3.x以来普遍使用的硬盘分区格式，为传统的16位文件系统。其具有非常好的兼容性，DOS、Windows 、Windows NT的各个版本与别的各种操作系统均支持FAT16。其相对速度快， CPU资源耗用较少，因此到现在还是各种机器硬盘常用的分区格式。可是传统FAT16的不支持长文件名，受到8＋3限制，也就是8个字符的文件名加上3个字符扩展名的限制。单个分区的最大尺寸是2GB，单个硬盘的最大容量通常不可大于8GB，因此假如硬盘容量在8GB以上的话，超过8GB的空间则因不能使用而造成浪费。
而FAT32为Windows 95 OSR2版开始推出兼容16位的32位文件系统。最大特点是通过较小的簇（每簇只为4KB）分配文件单元，很大程度上提升了硬盘空间利用率，减少了浪费。单个硬盘的最大容量有2TB（1TB=1024GB），为广大硬盘的使用者提供了便利。其支持长文件名，可非常好运行 DOS、Windows 95－2000的各个版本，可系统开销要大于FAT16。此类文件系统的安全性还是较差。如今，支持这一磁盘分区格式的操作系统有win 2000/XP、win 97及win 98。可是，此种分区格式也存在其不足，第一是使用fat32格式分区的磁盘，因为文件分配表的增大，运行效率比使用fat16格式分区的硬盘要慢；此外，因为dos系统与某些以前的应用软件不支持此种分区格式，因此使用此种分区格式之后，便不能再使用旧的dos操作系统及某些老的应用软件了。
NTFS拥有FAT的全部基本功能，且提供了优于FAT与FAT 32文件系统的特点：更大的磁盘压缩及更好的文件安全性。支持大磁盘，最大有2tb（NTFS的最大驱动器容量远远超过FAT的最大驱动器容量，而且随着驱动器容量的增大，NTFS的性能并未降低，这和FAT有非常大的不一样）。    能够在安装过程里，把现有的分区转化成NTFS。也能够在安装后的任意时刻，通过命令提示符来使用convert.exe程序，把文件系统从FAT转化成NTFS。可是仅有Windows NT/2000/XP方可识别NTFS系统，Windows 9x/Me和DOS等操作系统均不可支持、识别NTFS格式的磁盘。因为DOS系统不支持NTFS系统，因此尽量别把C:盘制作成NTFS系统，如此在系统崩溃后方便在DOS系统下恢复。可是NTFS文件系统有一个明显的缺点，便是假如使用NTFS格式化分区，那么仅有Windows 2000能够访问在这个分区上创建的文件，别的操作系统无法使用Windows 2000 NTFS分区。希望上述内容对大家有所帮助。